御本尊：十一面千手千眼観世音菩薩
（写真は御本尊御前立）
本堂内々陣の厨子内に安置され33年に一度御開帳されます。普通一般の四十二臂千手観音とは違い、最上の左右二臂を頭上高く挙げて化仏を戴く独特の「清水型」千手観音で、格別霊験あらたかに聞こえる。なお千手観音は　『法華経普門品(観音経)』に加えて　『千手陀羅尼経(大悲呪)』などに説かれる抜群の法力を示現される観音中の観音です。

本堂・舞台（国宝）
[江戸初期1633（寛永10）年再建]
清水寺本尊十一面千手観音（秘仏）を祀る正面十一間（約36㍍）、側面九間（約30㍍）、高さ18㍍の堂々たる仏殿で、優美な起り反り曲線を見せる寄棟造り・檜皮葺の屋根や軒下に吊る蔀戸など、平安時代の宮殿、貴族の邸宅の面影を伝え、四囲の音羽山の翠緑と見事に調和しています。

仁王門（重要文化財）
[室町後期再建]
両脇間に阿形・吽形の金剛力士像（像高365㌢）を安置する三間一戸（正面10㍍、側面8.4㍍、高さ約14㍍）、入母屋造り、檜皮葺、室町様式の堂々たる楼門で、昔の丹塗りを淡美に残し「赤門」とよばれています。

西門・三重の塔（重要文化財）
[江戸初期1631（寛永8）・1632（寛永9）年再建]
両脇間に持国天・増長天を祀り、丹塗りに極彩色文様が施された優美な三間一戸の八脚門で、切妻造り、檜皮葺の西門。一重内部に大日如来を祀り、天井や柱などが密教仏画や飛天・龍と各種文様らの極彩色で荘厳された高さ31㍍弱の日本最大級の三重の塔。

鐘楼（重要文化財）
[江戸初期1607（慶長12）年再建]
切妻造り、本瓦葺で、重い鐘をしっかりと吊るために六本柱、四方転びの技法を用い、柱に貫を上中下三段・三重に通して固めてあります。牡丹彫刻の懸魚や菊花彫刻の蟇股に桃山様式の特徴がみられます。梵鐘は室町時代の老鐘に代わり、「平成梵鐘」が平成20年に清水寺門前会によって奇進されたました。

随求堂（ずいぐどう）
[江戸中期再興]
塔頭慈心院の本堂で、衆生の願い・求めにすぐに随って、すべて叶えてくれるという大功徳をもつ随求菩薩（秘仏）が祀られています。堂下は随求菩薩の胎内に見たてた真っ暗な空間を大数珠をたよりにお詣りする「胎内めぐり」。暗闇の中あなた自身の光を感じてください。

開山堂（田村堂）（重要文化財）
[江戸初期1631～1633年再建]
謡曲「田村」に謡われる「田村堂」。三間(約9㍍）四方、入母屋造り、檜皮葺で、正面に蔀戸を吊り、軒廻りに丹塗りが残されています。内部には反蓮つきの高欄をめぐらした須弥壇を設け、清水寺創建の本願主坂上田村麻呂夫妻、開祖行叡居士、開山延鎮上人が祀られています。

釈迦堂（重要文化財）
[江戸初期1631（寛永8）年再建]
三間(約9㍍）四方、寄棟造り、檜皮葺で、正面は二段半蔀になっています。全体的に簡素な構造ですが、堂内内陣には黒塗り格狭間・飾金具つきの須弥壇上中央に本尊釈迦如来(平安末期作）、その両脇侍に普賢菩薩・文殊菩薩(鎌倉末期作）を安置しています。

阿弥陀堂（重要文化財）
[江戸初期1631～1633年再建]
三間(約9㍍）四方、入母屋造り、淺瓦葺で、前面は一間広く開放して礼堂兼通路となっています。随所に極彩色文様を留め、内陣には丈六の阿弥陀如来像を安置しています。1188年に法然上人が日本最初の常行念仏を行われたところで、右隅に法然上人像が祀られています。

奥之院（重要文化財）
[江戸初期1633（寛永10）年再建]
本堂・舞台と同じく、寄棟造り、檜皮葺屋根は美しい反り曲線を描き、軒下の随所に極彩色文様の跡が残っています。秘仏の本尊千手観音は、現存する最も古い三面千手観音坐像で、平成15年3月7日～12月7日の間、寛永再建三百七十年記念として、243年ぶりに御開帳されます。

音羽の滝
清水寺の開創を起縁し、寺名を由来しています。この滝から流れ出る清水は古来「黄金水」「延命水」とよばれ、“清め”の水として尊ばれ、開祖行叡居士、開山延鎮上人の滝行を伝統して水垢離の行場となり、またお茶の水汲み場となってきました。今日、参詣者が列をつくって柄杓に清水を汲み、六根清浄、所願成就を祈っています。